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臺北市立動物園自民國75年遷至木柵迄今,為應業務需要幾經修正組織編制(均未再增加員額人數),84年奉核置園長、副園長及秘書各1人統籌園務,下設四組六室推行相關業務,預算員額299人,組織架構圖如下:

組織架構圖:園長、副園長及秘書各1人統籌園務,下設四組六室推行相關業務。動物園「園長」職掌說明動物園「副園長」職掌說明動物園「秘書」職掌說明動物園「研究員」職掌說明 動物園「視導」職掌說明 動物園「副研究員」職掌說明動物園「動物組」職掌說明動物園「環境組」職掌說明動物園「推廣組」職掌說明動物園「育樂組」職掌說明動物園「獸醫室」職掌說明動物園「機電室」職掌說明動物園「總務室」職掌說明動物園「會計室」職掌說明動物園「人事室」職掌說明動物園「政風室」職掌說明

本園各組室職掌(預算員額數)如下:
  1. 園本部(68人):園長、副園長、秘書、研究員、視導、副研究員及駐警隊員;下轄保育研究中心、研考室、資訊室、勞安督導小組及動物認養小組等5個任務編組,包含副研究員、輔導員、助理研究員、分析師、組員、護士、研究助理、助理設計師、辦事員、約僱服務員、駐警隊員及專案技工友。
  2. 動物組(90人):各類展示動物之蒐集、保育管理、展示配置及有關學術研究等事項。
  3. 環境組(35人):園區自然環境保育生態綠化維護,園藝布置、植物展示,各類污染控制及有關學術研究等事項。
  4. 推廣組(20人):有關動物園之社會教育與活動、園區參觀解說導覽、附設教育中心與圖書館管理、學校校外教學輔導、業務管制考核及有關學術研究等事項。
  5. 育樂組(28人):育樂遊憩設施管理、遊客服務、園內交通、車輛管理及參觀秩序、安全之維持等事項。
  6. 獸醫室(19人):各類展示動物疾病醫療、預防保健、檢疫與檢驗及有關學術研究等事項。
  7. 機電室(15人):特高壓、低壓電力系統管理維護、空氣調節、照明、有無線電通訊、電梯設備之管理維護及供排水機電之管理維護等事項。
  8. 總務室(12人):文書、檔案、出納、總務、財產之管理、建築與設備之維修、保養等業務及不屬於其他各單位事項。
  9. 會計室(5人):依法辦理歲計、會計及統計事項。
  10. 人事室(5人):依法辦理人事管理事項。
  11. 政風室(2人):依法辦理政風事項。